扬凡艾克出生于荷兰马塞克城，一个位于列日主教管区的小镇。他的父亲是一位绅士，他的母亲是一位画家。扬凡艾克从小就显示出了对绘画的热爱和天赋，他喜欢用油彩画各种题材，尤其是肖像和宗教场景。他的母亲教给他拉丁文、希腊文和希伯来文，还让他阅读古典文学和哲学。扬凡艾克渴望学习更多的知识和技巧，他经常去马塞克城的图书馆和教堂，观摩和复制那里的书籍和壁画。
当扬凡艾克十五岁的时候，他遇到了一个改变他一生的人——他的哥哥休伯特·凡艾克。休伯特是一位已经成名的画家，他曾在法国、意大利和德国等地旅行和学习，他的作品受到了国际哥特式艺术的影响，但也展现了自己独特的风格和创新。休伯特对扬凡艾克非常欣赏，他邀请他去海牙做自己的助手，为巴伐利亚-施特劳宾的约翰伯爵画宫廷画像。扬凡艾克欣然接受了邀请，跟随哥哥去了海牙。
在海牙，扬凡艾克得到了哥哥的悉心指导和鼓励，他不仅学习了哥哥的绘画技法和理论，还接触了许多来自不同国家和文化的人物和风景。他开始尝试用油彩作为介质，发现它能够使颜色更加鲜明和持久，并且能够更好地表现光影和质感。他也开始注重对自然界和人物面部表情的观察和描绘，使得他的作品具有了更强的写实性和表现力。他逐渐形成了自己独立而奔放的风格，受到了约翰伯爵和其他贵族们的赞誉。
年，约翰伯爵去世后，扬凡艾克跟随哥哥去了布鲁日，为勃艮第公爵菲利普三世服务。菲利普三世是一个开明而慷慨的统治者，他十分看重扬凡艾克，并派他代表自己进行数次外交访问，其中包括年就菲利普三世与葡萄牙伊丽莎白公主的婚姻一事宜前往里斯本。在这些旅行中，扬凡艾克见识了许多异国风情和名胜古迹，并在自己的作品中加入了这些元素。他也为许多重要人物画了肖像，其中最著名的是《阿尔诺芬尼夫妇像》，这幅画被认为是西方肖像画史上最杰出的作品之一。
阿尔诺芬尼夫妇像年，扬凡艾克与哥哥合作完成了《根特祭坛画》，这是一幅由20个画面组成的巨型祭坛屏风画，描绘了基督教历史上最重要的事件和人物。这幅画被认为是尼德兰美术史上最伟大的杰作之一，也是扬凡艾克最具代表性的作品之一。它展示了扬凡艾克对空间、色彩、细节、气氛等方面的精湛掌握，并且融合了国际哥特式、意大利文艺复兴以及尼德兰民间传统等多种风格。
根特祭坛画年，休伯特·凡艾克去世后，扬凡艾克继续在布鲁日工作，并培养了许多优秀的学生和追随者。他在生命的最后五年中创作了许多精彩的作品，如《罗林大臣的圣母》、《卡農的圣母》、《最后审判》等。年7月9日，扬凡艾克因病去世，在布鲁日被安葬。他留下了约25部幸存作品，并对后来的尼德兰画派和欧洲油画产生了深远而持久的影响。